黑臭河道已经成为面临的主要水环境问题，其对水环境造成巨大的影响。黑臭河道内源的主要特征是还原程度、高氮磷污染严重，甚至呈现复合污染的问题，同时表观上表现出发黑发臭的现象。由于黑臭河道底泥长期处于高营养负荷污染，底泥可持续向上覆水中释放营养盐，由此成为湖泊重要的外源输入，使本已处于富营养化状态的湖泊继续恶化。因此，必须采取相关措施对重污染底泥进行治理。
目前，通用的几种底泥内源治理方法包括：底泥疏浚、原位钝化、原位曝气（增氧）。各种方法均在不同情境的水环境治理中有应用，也取得了一定的效果。然而，到底哪种方法具有优势？对底泥内源削减效果如何？对沉积物微生物群落组成以及长期内源削减效应到底是什么样的结果？
对于上覆水磷而言，各个均可有效控制磷的浓度，但各个在控制水体磷的效率方面随时间增加逐渐衰减。原位钝化和曝气增氧均可有效控制上覆水体中总氮与氨氮的浓度，但是底泥疏浚却无法有效控制上覆水中氮的浓度。
同样，底泥疏浚、原位钝化以及曝气增氧均可有效控制底泥磷的释放，其中底泥疏浚表现为出色（疏浚较为彻底为前提）。令人遗憾的是，底泥疏浚能造成底泥氨氮的大量释放。这主要是由于氨氮的浓度倾向于在沉积物底部富集。底泥疏浚虽然将表层重污染底泥移除，但却将底泥高浓度氨氮的间隙水暴露，造成大的浓度梯度差，由此引起疏浚初期氮的大量释放。
有研究表明，底泥疏浚在长期尺度可有效控氮，但是上述研究多是控制模拟实验。究竟长期控氮是由于上覆水中氧浓度的增高造成氨氮的氧化，还是另有原因，有待在实际的疏浚工作中进行检验。
通常，黑臭水体易发区底泥呈还原环境，底泥硫化物含量高，黑臭水体的形成与底泥（底质）环境密切相关，底泥中高含量的有机质厌氧分解致使表层底泥中形成厌氧甚至极度厌氧的环境，促使底泥中大量的致黑硫化物生成，在高温、水动力作用下会导致水体黑臭的发生。
因此，还原性底泥的治理是黑臭河道治理的关键，也是该区域生态环境恢复的基础。目前，投加氧化剂（过氧化钙、过氧化氢）以及电子受体（硝酸盐）是治理硫质底泥的常用方法。虽然多数研究者认为这是一种应急措施，而非长久控制。
