河道治理工艺随着人们对河道处理的不断深入实践，出现了不少新工艺，这些方法有个共同点就是朝者组合工艺的方向发展。组合工艺即利用两种或两种以上的优点相结合，改良成的多功能工艺。
物理方法。物理方法主要是指疏挖底泥、机械除藻、引水冲淤和调水等。疏浚污染底意味着将污染物从(河道)系统中清除出去。可以大程度地削减底泥对上覆水体的污染贡献率，从而改善水质。调水的目的是通过水利设施的调控引入污染河道上游或附近的清洁水源以改善下游污染河道水质。此类方法往往治标不治本。
化学方法。化学方法如混凝沉淀、加入化学药剂杀藻、加入铁盐促进磷的沉淀、加入石灰脱氮等方法。表明，这种方法对浊度、eoD、ss、TP去除效果好，对TN、重金属等也有一定的去除效果，药剂用量少。但该黑臭河道治理方法易造成二次污染。
生态一生物方法生态一生物法主要包括河道曝气复氧、生物膜法。生物修复法，土地处理法、水生植物净化法等。
1.河道曝气法人工曝气复氧是指向处于缺氧(或厌氧)状态的河道进行人工充氧以增强河道的自净能力，改善水质、改善或恢复河道的生态环境。河道曝气复氧一般采用固定式充氧站和移动式充氧平台两种形式。该工艺具有设备简单、机动灵活、安全可靠、投资省、见效快、操作便利、适应性广、对水生生态不产生任何危害等优点，适合于城市景观河道和微污染源水的治理。
2.生物膜是指使微生物群体附着于某些载体的表面上呈膜状，通过与污水接触。生物膜上的微生物摄取污水中的有机物作为营养吸收并加以同化，从而使污水得到净化。目前，常用于河道治理的生物膜主要有砾间接触氧化法、持水沟(渠)的接触氧化法、生物活性炭填充柱净化法、薄层流法和伏流净化法，用得比多是接触氧化法。
3.生物修复是指利用微生物及其他生物。将水体或土壤中的有毒有害污染物质现场降解为c02和水，或转化为无毒无害物质的工程系统。用于河道治理的生物修复主要有两类。一类是直接向污染河道水体投加经过培养筛选的一种生物菌片，试验证明cOD去除率口达9096以上。另类是向污染河道水体投加河湖净化剂（河湖澄清剂）。投放药剂后。通过促生作用，促进污染物降解微生物的生长，河道中微生物由厌氧向好氧演替，生物由低等向高等演替，生物的多样性不断增加，使污染水体的BOD5，COD迅速下降，溶解氧明显上升，黑臭消除。这种方法对于消除水体黑臭、增加水体溶解氧作用明显。
4.土地处理。土地处理是一种古老、但行之有效的河道治理。它是以土地为处理设施，利用植物系统的吸附、过滤及净化作用和自我调控功能，达到某种程度对水的净化目的。土地处理系统对于有机化合物尤其是有机氯和氨氮等有好的去除效果。
5.水生植物净化法。该方法是充分利用水生植物的自然净化机能的污水净化方法。例如采用浮萍、湿地中的芦苇等在一定的水域范围进行净化处理。但是生活污水的排入会产生臭气、害虫和景观影响等问题，因此选用时要综合考虑上述问题，如选择在春夏季下风口的位置种植芦苇等。
悬浮填料移动床是以比重接近于水的悬浮填料直接投加到曝气池中作为微生物的活动载体，依靠曝气池内的曝气和水流的提升作用处于流化状态。它是悬浮生长的活性污泥法与附着生长的物膜法相结合的一种工艺。这种工艺水力停留时间较短，COD和BOD5去除率高，且具有好地氨氮去除效果。
生物悬浮床是按照自然界自身规律，人工把高等水生植物或改良的陆植物种植到富营养化水域水面上。通过植物根部的吸收、吸附作用和物种竞争达到净化水质的效果，同时又可营造水上景观。目前，在范围内生物浮床尚处于试验阶段，它用于河道治理，效果好。
曝气生态净化系统是以水生物为主体，辅以适当的人工曝气，建立的人工模拟生态处理系统，以降解水体中的污染负荷、改善或净化水质，恢复水生态的一种污水处理工艺，是人工净化与生态净化相结合的工艺。它是在曝气生物塘和人工湿地基础上发展起来的一种污水净化与资源化相结合的。
组合生物修复它是采用曝气复氧、投加高效微生物菌剂及生物促生液、放养水生植物等构建的组合生物修复。这种工艺对严重污染的水体治理效果好，黑臭消除。水体COD平均下降50％以上，DO平均升高2mg／L左右、透明度平均增加10cm以上；单一工程措施的修复效果不及组合。
底泥生物氧化底泥耗氧是河道黑臭的重要原因之一。投放生物菌种和河湖净化剂虽然能解决部分问题。但由于外源微生物很难进入自然生态系中，其作用也十分有限。只有激活土著微生物。改善河道微生物区系，提高其生物多样性，建立良性生态平衡，并在河道养护过程中不断强化士著微生物活性，保持其生态平衡，提高自净能力，才能从根本上解决河道黑臭的污染问题。
