在工业化、城镇化的发展过程中，城市河道和河岸带的生态功能逐渐消失，河道成为行洪和纳污的沟渠。随着经济的进一步发展，人们生活水平的提高，逐渐认识到河道生态系统对城市生态环境、景观、文化和社会经济可持续发展的重要性，也促使人们关注水污染治理和水生态系统的恢复。在河道水污染治理的思路上，生物治理和生态修复的理念深入人心。
河道生态治理修复的根本思路是重建受损河道生态系统的结构和功能，恢复具有稳定群落结构、多样性和生态功能的生物群落，以及可提供相对稳定生态位，符合自然演替规律的生境的城市河道水生态系统。河道生态修复的关键问题。城乡河道生态修复的较终目标，是在满足河道基础功能的基础上，恢复河道的生态和景观功能，较终达到水清、岸绿、景美、亲水、易居的生态河道的要求。
多年来城乡河道污染严重，现状复杂，尽管经过初期的治理，清除垃圾、疏浚河道、减缓黑臭，水体污染状况已有所缓解，但要较终完成河道的生态修复，还有较长的距离，仍有诸多需要考虑的关键问题。多年来城乡发展过程中对水环境的侵占使得多数河道较为狭窄，加之城乡地表硬化导致地表蓄水能力降低，排水、行洪等河道的基础功能，是河道生态修复设计和实施中必须考虑的关键问题之一。
河道生态治理修复的进行需在河道水质恢复到一定阶段之后，对河道水体污染的治理和控制是非常重要的，与此同时，河道生态修复亦可促进河道自我净化能力。河道水体生物的多样性是河道生态治理恢复的一个典型特征，改变现有河道岸、底硬化，沟渠化的现状，造就多样河道形态和空间，形成多样的水体环境，将为生物多样性的恢复奠定基础。
在河道生物多样性恢复的基础上，从河道生态系统的整体性出发，恢复河道生态系统的结构和功能，促进水体稳定、多样性生物链形成，恢复水体生态系统自我调节、平衡和演替能力的形成，将是极具挑战性的关键问题。此外，在河道生态治理修复中，要着力考虑水资源的可持续利用、水生态环境与城乡生态景观、人文景观的和谐发展，较终达到人、水、自然的和谐发展。
