目前城市黑臭河道治理技术主要采用生物治理、生态养护技术，通过使用生物复合酶快速激活水体中的微生物，削减水体中的氮磷营养盐，从而降低河道水体污染负荷，通过生态手段，构建小型生态系统，从而修复水体生态系统平衡，恢复水体自净能力，从而达到标本兼治的目的。
这种以生物治理，生态修复为主的生物生态修复技术安全环保，可以有效改善生态系统平衡，净化水质，同时可以有效提高水体透明度，利于水体中动植物正常生命活动。
黑臭河道治理的方式有三种，分别是物理方法、化学方法、生态生物法(包括河道曝气复氧、生物膜法，生物修复法，土地处理法、水生植物净化法)
1.物理方法
物理方法主要是指疏挖底泥、机械除藻、引水冲淤和调水等。疏浚污染底意味着将污染物从(河道)系统中清除出去。可以较大程度地削减底泥对上覆水体的污染贡献率，从而改善水质。调水的目的是通过水利设施(如闸门、泵站)的调控引入污染河道上游或附近的清洁水源以改善下游污染河道水质。此类方法往往治标不治本。
2.化学方法
化学方法如混凝沉淀、加入化学药剂杀藻、加入铁盐促进磷的沉淀、加入石灰脱氮等方法。研究表明，这种方法对浊度、eoD、ss、TP去除效果较好，对TN、重金属等也有一定的去除效果，药剂用量少。但该河道污水治理方法易造成二次污染。
3.生态-生物法(主要包括河道曝气复氧、生物膜法，生物修复法，土地处理法、水生植物净化法等)：
1、生物修复技术
是指利用微生物及其他生物，将水体或土壤中的有毒有害污染物质现场降解为c02和水，或转化为无毒无害物质的工程技术系统。用于河道污水治理的生物修复技术主要有两类。一类是直接向污染河道水体投加经过培养筛选的一种或多种微生物菌种，试验证明cOD去除率口丁达90以上。另一类是向污染河道水体投加微生物促生剂(营养物质)，促进“土著”微生物的生长。投放药剂后，通过促生作用，促进污染物降解微生物的生长，河道中微生物由厌氧向好氧演替，生物由低等向高等演替，生物的多样性不断增加，使污染水体的BOD5，COD迅速下降，溶解氧明显上升，黑臭消除。这种方法对于消除黑臭水体、增加水体溶解氧作用明显。
2、土地处理技术
土地处理技术是一种古老、但行之有效的河道治理技术。它是以土地为处理设施，利用土壤、植物系统的吸附、过滤及净化作用和自我调控功能，达到某种程度对水的净化目的。
3、水生植物净化法
该方法是充分利用水生植物的自然净化机能的污水净化方法。例如采用浮萍、湿地中的芦苇等在一定的水域范围进行净化处理。但是生活污水的排入会产生臭气、害虫和景观影响等问题，因此选用时要综合考虑上述问题，如选择在春夏季下风口的位置种植芦苇等。
4、河道曝气法
人工曝气复氧是指向处于缺氧(或厌氧)状态的河道进行人工充氧以增强河道的自净能力，改善水质、改善或恢复河道的生态环境。河道曝气复氧一般采用固定式充氧站和移动式充氧平台两种形式。该工艺具有设备简单、机动灵活、可靠、投资省、见效快、操作便利、适应性广、对水生生态不产生任何危害等优点，适合于城市景观河道和微污染源水的治理。
5、生物膜技术
是指使微生物群体附着于某些载体的表面上呈膜状，通过与污水接触。生物膜上的微生物摄取污水中的有机物作为营养吸收并加以同化，从而使污水得到净化。目前，常用于黑臭河道治理的生物膜技术主要有间接触氧化法、持水沟(渠)的接触氧化法、生物活性炭填充柱净化法、薄层流法和伏流净化法，用得比较多是接触氧化法。
