黑臭水体治理方案选择原则，城市黑臭水体整治的选择应遵循；适用性、综合性、经济性、长效性和安全性等原则：
1.适用性：地域特征及水体的环境条件将直接影响黑臭水体治理的难度和工程量，需要根据水体黑臭程度、污染原因和整治阶段目标的不同，有针对性地选择适用的方法及组合。
2.综合性：城市黑臭水体通常具有成因复杂、影响因素众多的特点，其整治也应具有综合性、全面性。需系统考虑不同措施的组合，多措并举、多管齐下，实现黑臭水体的整治。
3.经济性：对拟选择的整治方案进行经济比选，确保的可行性和合理性。
4.长效性：黑臭水体通常具有季节性、易复发等特点，因此整治方案既要满足近期消除黑臭的目标，也要兼顾远期水质一步改善和水质稳定达标。
5.安全性：采取投加化学药剂和生物制剂等治理，强化安全性评估，避免对水环境和水生态造成不利影响和二次污染；采用曝气增氧等措施要防范气溶胶所引发的健康风险和噪音扰民等问题。
要点：截污纳管是黑臭水体整治直接有效的工程措施，也是采取其它措施的前提。通过沿河沿湖铺设污水截流管线，并合理设置提升(输运)泵房，将污水截流并纳入城市污水收集和处理系统。对老旧城区的雨污合流制管网，应沿河岸或湖岸布置溢流控制装置。
无法沿河沿湖截流污染源的，可考虑就地处理等工程措施。严禁将城区截流的污水直接排入城市河流下游。实际应用中，应考虑溢流装置排出口和接纳水体水位的标高，并设置止回装置，防止暴雨时倒灌。
限制因素：工程量和一次性投资大，工程实施难度大，周期长；截污将导致河道水量变小，流速降低，需要采取必要的补水措施。截污纳管后污水如果进入污水处理厂，将对现有城市污水系统和污水处理厂造成大运行压力，否则需要设置旁路处理。
