1.物理方法：
①引水换水用以清释污方法对污染水体进行稀释，可以使水体黑臭关键性水质指标总磷和有机物污染指标、高锰酸盐指数浓度等有所下降。但对于蓄水量大的水域，补水量太小起不到净化效果，而提高补水量又造成水资源的大量浪费，费用高昂。所以引水释污只是起到一个治标不治本暂缓效果，对于富营养化严重的湖泊，采用引水释污不是一个长久之计。
②底泥疏浚清淤挖泥可减少积存湖内的大量有机碳、氮、磷等营养物质，增大湖的蓄水量，是减少内源性污染、减轻水体黑臭的有效途径和措施。但是大规模清淤，可能会破坏湖泊原有的生物种群结构和生境，削弱其自净功能，对生态修复带来负面影响。
2.曝气复氧法：
曝气复氧对消除水体黑臭的良好效果已被试验及河流曝气中试所证实。其原理是进入水体的溶解氧与黑臭物质(H2S，FeS等还原物质)之间发生了氧化还原反应。对于长期处于缺氧状态的黑臭河流，要使水生态系统恢复到正常状态一般需要一个长期的过程，水体曝气复氧有助于加快这一过程。由于河道曝气复氧具有效果好、投资与运行费用相对低的特点，在中小型污染河流污染治理经常采用的方法。对于污染情况严重，污染长期排入的水体需配合生物方法及生态措施，因此，可做为辅助生物生态修复的方法之一。
3.化学方法：
化学絮凝处理是一种通过投加化学药剂去除水层污染物以达到改善水质的污水处理。近年来，化学絮凝处理在强化城市污水一级处理的效果方面得到了越来越广泛的应用，而随着水体污染形势的日趋严峻，对严重污染的水体如黑臭水体治理，化学絮凝处理的快速也显示其一定的优越性。但是由于化学絮凝处理的效果容易受水体环境变化的影响，且必须顾及化学药物对水生生物的毒性及生态系统的二次污染，这种应用有很大的局限性。
4.生态湿地修复法：
生态湿地具有降解污染物，净化水质的功能，使污染水体流过生态湿地逐步降解污染物，提高水质标准。但是生态湿地要求面积大，净化效率低。而且对于重污染水源无法治理，甚至会使生态湿地遭受破坏，植物死亡产生腐蚀质，释放到水体中，造成更严重的环境污染。
5.配水、调水方法：
配水、调水对某一城市、区域是一个为理想的方法，见效快，成本低，但是配水、调水不是真正解决污染水体的方法，只是将污染水体从某一区域转移到另一区域，是上游向下游的转移。如果大家都采用此方法，可以说是污染水体的循环，是一种恶性循环，无法从根本上解决问题。
6.生物；生态水体修复
生物；生态水体修复主要是利用存在的微生物，在人为的干涉下，在一定的生存环境条件下，经过原位培育，增加微生物活性能力，通过微生物生命活动，将有机物转化为无机物，逐步恢复水生生态系统，目标是恢复水体的自净功能。
生物；生态水体修复治理污染水体方法很多，如建造人工湿地、生物氧化塘、生物滤床、生物激活剂等，但其核心内容就是利用载体将有益微生物培育成优势群落，激活其活性能力。由于水体污染成因不同，有害物质的成份也多样性，在治理污染水体的上采用单一的是很难治理污染的水体，必须有针对性的、采用综合性。在实践中将物化(人工增氧)和微生物栽培相结合，整治景观河道是比理想的方法。
